急性间质性肾炎的预后总体来说较好。对于急性化脓性间质性肾炎的预后，大部分对抗生素治疗有效。感染控制后，肾功能可完全恢复。少数重症者死于全身感染败血症，或少尿型急性肾功能衰竭。对原有尿道梗阻致病者与梗阻性疾病的清除与否密切有关。部分病人发展成慢性肾功能不全，需透析或肾移植维持生命。
    对急性过敏性间质性肾炎来说多数预后良好，病变是可逆的。部分患者遗留肾功能不全，最终进展为终未肾衰。药物所致的急性过敏性间质性肾炎，当停用致病药物后，急性间质性肾炎的临床综合征可自行缓解，而肾功能的完全恢复可能需数月。如未能确定致病药物且及时停药，则肾功能可继续恶化。导致永久性肾损害。
    特发性急性间质性肾炎的肾功能损伤．可自然恢复。本病糖皮质激素治疗有效，治疗后肾功能在1～2月内完全恢复正常。成人预后较儿童差。TINU综合征中眼色素膜炎，对糖皮质激素敏感，但易复发。部分患者遗留不同程度的肾功能受损。遗留永久性肾功能衰竭而需透析者不超过5％。